经过两百多年的休养生息，自由派得以振作起来，重新恢复到鼎盛时期，强大的宇宙舰队也重新建立起来。
自由派因为有了博坦人的加入，变的更加包容，也正式成立“自由意志”这个联盟组织，其宗旨就是吸纳一切崇尚自由平等的宇宙高智慧生命，共同建立一个平等自由的世界，这种东西在思想境界达不到一定高度的普通人看来，就是假大空的东西，其实就有许多思想境界超脱普通人层次的先驱者，他们把这些理念做为毕生的信念，并且为之奋斗不息，这便是他们值得人尊敬的地方。
“自由意志”成立之后，就开始实行他们的理念，其中最为明确的目标就是消灭“神”的走狗投降派，夺回被其占领的母星，赫拉库人的发源地。
自由意志的军队开始向外探索，初期以侦察和探测为主，毕竟与投降派分离两百多年，如今投降派的科技和战斗力发展到什么水准，必须探查清楚，贸然进攻，无疑是置大量士兵的生命于不顾，知己知彼是兵家常识。
投降派的理念就决定他们是偏安一隅的，躺在之前的基业上，坐享其成就行，其高层领导全都是享乐派，没有丝毫进取心，所以两百多年来，投降派也没有四处搜寻逃走的自由派，他们坚信有“神”的庇佑，自由派不敢打上门来，为此他们把自己称之为“神之手”，寓意着是“神”在这个世界的代行者。
经过自由意志侦察部队的侦察，发现投降派的科技进步并不大，隐隐落后于自由意志。
自由意志的高层在获悉此信息后，决定发动一次突袭战，这是时隔两百多年后，自由意志和神之手的首次战斗，被称之为“塞拉星域会战”。
塞拉星域是神之手控制区域边缘的星域，驻扎着神之手一个小型舰队，共计六十艘各型战舰。
自由意志由于是试探性攻击，并没有投入太多军队，虽然神之手科技要略微落后，但是保不准“神”会给他们留下些什么不为人知的手段，万一出现意外，初次战斗遭受重大损失，是自由意志不愿看到的事情。
自由意志为此投入两个舰队，共计一百艘各型战舰，数量约是敌人的两倍，而且战舰的科技也略高一筹。
战斗开始，养尊处优的神之手舰队，不论是士气还是战意上，明显非常低，几乎是一触即溃，很快四散逃命。
经过一番围剿和追击，初次战斗取的完胜，神之手共计被歼灭四十四艘各型战舰，其余十六艘战舰由于逃走的快，被其逃脱，而自由意志并没有战舰被击毁，只有数艘战舰被击伤，伤亡士兵数百人。
经过初次战斗，神之手知道昔日的敌人回来了，其高层陷入恐慌之中，仓皇组织防御。
此后，自由意志频频发起攻击，每一次都大获全胜，令神之手损失惨重，不得不收缩防线。
直到十多年后，战争才发生转机，神之手的主子“神”再一次降临。
神之手的高层跪在主子面前痛哭流涕，讲述十多年来的事情，乞求主子赐予他们力量，战胜敌人。
有狗腿子为自己办事方便太多了，神也不想失去狗腿子，但他也不是大方的，虽然赐予神之手一些宝物，但是要驱动这些宝物，需要神赐予的特殊能量晶体才行，这些能量晶体被称之为“神晶”。
想要获得更多的宝物和神晶，神之手就必须提供更多更好的灵魂供神吞噬，同时神很喜欢神之手这个名称，要求神之手的战舰外形全部更改，统一改成怪手的形状，神之手的高层自然遵照执行。
自此，神之手加大了对玛度人的迫害，更多的玛度人被培养出来成为吞噬的食物。
有了主子赐予的宝物，神之手在与自由意志的战斗中不再不堪一击，神赐予的宝物几乎都是针对灵魂攻击的，其中最强大的一件，可以让一个恒星系范围内的一切有灵魂的生命瞬间失去意识，许多人就此失去生命，能够恢复过来的，也有很多在灵魂上留下创伤，而且无法防御，极其恐怖，只不过其消耗的神晶也非常之多，神之手也不敢肆意使用。
自由意志在遭受一定损失后，意识到问题的严重性，自此战争陷入胶着状态，一晃就是数千年过去。
双方的科技水平也在不断提升，自由意志的科技水平达到3.6级，而神之手略微落后一些，达到3.5级，因为有其主子赐予的宝物，使双方力量基本持平，自由意志也不敢轻易发动大规模的战斗，一旦神之手不惜血本的使用宝物，自由意志会遭受惨痛的损失。
在数千年中，自由意志又先后吸收赛尔瑟人、巴普兹人、LS诺人、地球人加入，其中地球人是最晚加入的。
而神之手也跟着自由意志学，采用各种手段拉拢几个同伙，有克渣人、木吉人、沙卡巴人、辛斯奇人，其中沙卡巴人和辛斯奇人属于半被奴役半被利用的角色，地位略高于玛度人，而克渣人和木吉人要好一些，但也只是炮灰而已，被大量投入军队中，做为战争的牺牲品。
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