唐德宗出逃奉天，卢杞与关播随从，数天后，崔宁从叛贼中来，把唐德宗流离的事归罪于卢杞，卢杞反诬陷崔宁谋反，唐德宗杀了他。灵武节度使杜希全率领盐、夏二州士兵六千人去支援，唐德宗商议他们的行军道路，卢杞请求道经漠谷，浑瑊说：“不可，那里道路险峻，会受到贼兵的截击，不如取道乾陵北面，逾过鸡子堆然后扎营，与城中相互策应，贼兵就可被打败。”唐德宗听从了卢杞的建议，贼兵果然在险要之处抵御，军队不能通过，逃回邠州。
唐德宗在奉天被朱泚围攻，李怀光自魏县支援，有人对王翃、赵赞说：“李怀光多次愤叹，认为宰相谋议不当，度支赋敛烦重，京兆尹克扣军粮，唐德宗流亡转徙这是三个大臣的罪过，现在李怀光功业崇重，唐德宗必然开诚布公，询问得失，假如唐德宗听取他的言论，难道不危险吗！“王翃、赵赞告诉卢杞，卢杞大为惊恐，从容上奏说：“李怀光的功业是国家的依赖。臣听说贼徒吓破了胆都无心守卫了。如果趁着李怀光的军威，可以一举击败贼军；现在假如允许他朝见唐德宗，唐德宗必然要赐宴，赐宴就要流连拖延，就会使贼军得到京城，等他们从容休整完备，恐怕就难以谋取了。不如使李怀光乘胜进攻收复京城，破竹之势不可失去啊。“唐德宗同意他的建议，便诏令李怀光率领兵众屯驻便桥，限定日期一同进发。
李怀光在咸阳驻军时，多次揭露卢杞等人的罪状恶行，唐德宗为安抚李怀光，承诺将卢杞等人贬官，卢杞被贬为新州司马。后遇天下大赦，卢杞调任吉州长史，他在贬官之地对人说：“我必定会再次召入任宰相。”唐德宗任用卢杞为饶州刺史，给事中袁高值夜班，承担起草任命卢杞的诏书，就持着诏书谒见宰相卢翰、刘从一说：“卢杞有幸免于诛杀，只给以贬黜官职，很快又逐渐迁往近地，改授大郡长官，恐怕有失天下人的愿望，只有靠相公坚持奏论，事情还可以有救。“卢翰、刘从一不高兴，便另外叫舍人起草诏书。第二天诏书颁下，袁高坚持争论不休。
第二日在延英殿上，谏臣赵需、裴佶、宇文炫、卢景亮、张荐等人共同上书议论，都说卢杞之罪四海之人都鄙弃，现在再起用他，会使忠臣寒心，良士痛骨，且一定会再启祸端。他们的话极为恳切中肯。唐德宗对宰相说“：给卢杞一个小州刺史可以吗？”李勉说“：陛下要给他大州刺史也没什么难的，但怎样平息四方的责难呢？”唐德宗说：“众人议论卢杞奸邪，我为什么不知道？“李勉说：“卢杞奸邪，天下人都知道。唯有陛下不知，这正是他的奸邪之处！“于是唐德宗诏令卢杞为澧州别驾。后来散骑常侍李泌来朝，唐德宗说：“袁高他们议论了卢杞的事，我已同意他们了。”李泌叩头庆贺说：“前些日子，外面议论陛下有如汉朝的桓帝、灵帝，今日才知陛下是尧舜一样的国主啊。”唐德宗听了非常高兴，将李泌安慰勉励一番，不久卢杞死于澧州。
卢杞在为官期间陷害、排挤、倾轧、报复与自己意见不同的大臣，宰相杨炎、张镒、御史大夫严郢、太子太师颜真卿等人，都先后死在他的手上。
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