然而，朱以海的这种行为也导致了官职的混乱。为了争取支持，他不惜以高官厚爵来收买人心，这导致了官僚体系的紊乱，也加剧了南明政权内部的腐败现象。
四、声势大振
顺治三年（1646年）五月，清朝派遣大军征讨浙东，恰逢这一年夏季浙江久旱无雨，钱塘江水 涸 流 细 。清军发现江水浅到仅能淹没马腹，于是分兵两路进击绍兴。方国安负责的钱塘江防线瞬间土崩瓦解，大批明朝官吏投降清军。五月二十九日夜，朱以海在张名振等人的护卫下紧急离开绍兴，经台州乘船逃往海上。在出走之前，朱以海派遣靖夷将军毛有伦保护家人退往台州，但毛有伦却自作主张，改道蛟关以便进入海域，不料途中遭遇叛将张国柱，朱以海的家眷被押往杭州。
清廷以此为要挟，派使者前往通告朱以海，要求他剃发归降。然而，朱以海坚决拒绝，并愤怒地抨击清军“平夷我陵寝，焚毁我宗庙”。他的强硬态度赢得了部分明朝遗臣的尊重和支持。
朱聿键被清军杀害后，一些不愿投降清廷的文武官员转而支持朱以海，这使得他的地位得到了显着提升。这时，张名振不失时机地提出了“隆中对”式的策略。他向朱以海阐述了先三分天下，建立根据地，再逐步收复失地的战略方针。具体步骤包括：首先攻取清军兵力薄弱的福建，建立起可靠的根据地；其次，利用“监国”的名义和声望，招揽人才，逐步增强政治、经济和军事实力；同时，妥善处理好与海外邦国的关系，争取朝鲜和日本的支持；在西南桂王称帝的情况下，不再采取针锋相对的方针，让桂王政权尽量拖住清军。这样一来，就能形成三分天下的局面，待江南空虚之时，用精兵袭取南京，明朝复兴便有望实现。
朱以海对这一策略极为赞赏，决定按照张名振的建议行事。同年六月，朱以海在张名振等人的保护下抵达舟山。割据舟山群岛的黄斌卿借口自己是隆武朝廷所封，拒绝接纳朱以海入城，鲁王君臣在舟山借住了两三个月，做足了仁义文章。
九月，据守金、厦一带的永胜伯郑彩将朱以海迎入福建。然而，郑芝龙已经赶赴福州向博洛投降，并派人通知郑彩献出鲁王以向清廷请赏。郑彩不愿投降清朝，决定奉朱以海为主。朱以海的实力迅速增长，大多数浙江和福建的官民都以他为中兴大明的旗帜。再加上满洲军主力已被博洛带回北京，福建清军兵力空虚，这为朱以海在福建立足提供了有利条件。
五、奋战福建
顺治四年（1647年）正月，朱以海在长垣誓师，表达了“王业不偏安”的决心。在他的领导下，朝政军队初步整顿完毕后，随即着手收复失地。短短半年内，福建多个府县相继被收复。朱以海亲自出征，广发檄文号召各地绅民起事，共创大业。“解放区”不断扩大，建宁府以及建阳、崇安、松溪、政和、寿宁、连江、长乐、永福、闽清、罗源、宁德等地均被收复。同年十月，福宁州也被明军攻克，清朝在福建的统治陷入崩溃的边缘。
原隆武朝大学士朱继祚从北京回到原籍福建兴化，接受了朱以海的重任，在兴化城内号召起义，使得兴化总兵张应元措手不及，带着残兵败卒乘夜逃跑，兴化城落入明军之手。到顺治五年（1648年）上半年，朱以海收复了闽东北三府一州二十七县，省会福州几乎成了一座孤城。为了尽快攻占福州，朱以海亲临福州城外的闽安镇指挥攻城，在他的激励下，福建“义师起，八郡同日发”。
正当明朝复兴形势一片大好之际，南明朝廷的内讧再次发生。郑彩想要架空朱以海，进而取得实际大权。顺治五年（1648年），郑彩无缘无故击杀大学士熊汝霖，这让义兴侯郑遵谦十分不满，郑彩又命人逼迫郑遵谦投海而死。朱以海得知后大怒，指责郑彩说：“杀忠臣以断股肱，我活着还有什么用？”说罢就要跳河，左右侍臣和郑彩赶忙劝阻，最终杀了郑彩手下十余人了事。接着，不甘心成为傀儡的朱以海任命兵部尚书钱肃乐接任大学士，负责朝政票拟，不料，郑彩多次欺压钱肃乐，导致钱肃乐呕血而亡。
清朝派精锐满洲军南下福建，配合浙闽总督陈锦辖下的汉军反攻。此时，郑彩的排斥异己使鲁监国军队战斗力大减，在泉州和漳州一带活动的郑成功也以尊奉死去的朱聿键为名，拒绝接受朱以海的号令。在这种情况下，先前攻取的福建建宁、福安、罗源、宁德、政安和浙江景宁、庆元、云和、松阳等州县又被清军夺去。
顺治六年（1649年）正月，朱以海只好移驻福建和浙江两省交界的沙埕，几个月后，张名振攻取健跳所，将朱以海迎到健跳所居住。这期间郑彩又同郑成功火拼，被郑成功击败，不得已上表求救。朱以海恨郑彩就这样断送了大好的中兴机会，趁机收编了郑彩的余部。
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