然而，在年羹尧的妹妹成为胤禛侧妃之后，年羹尧并没有因此与胤禛的关系变得更为亲密。事实上，由于年羹尧当时正在四川任职，他与胤禛之间的联系并不密切。直到康熙五十七年（1718年），胤禛还曾经写信训斥年羹尧，指出他在给自己的信件中没有使用谦卑的措辞，如未自称“奴才”，并且在一些重要的家庭庆典上，年羹尧既没有送上礼物，也没有发去贺信。此外，胤禛还提到年羹尧在孟光祖案中的失误，以及他在信中使用的某些可能被视为居心叵测的言辞。为了改善关系，胤禛要求年羹尧将其成年的儿子、弟侄送到京师侍奉年羹尧的父亲年遐龄。
年羹尧听从了胤禛的要求，将家人送往京师，这也表明他愿意维护与胤禛之间的关系。这一举动或许有助于缓解他们之间的紧张气氛。随着胤禛在康熙六十一年（1722年）即位为雍正帝，年羹尧的地位也得到了显着提升。雍正帝即位后不久，便召胤禵还朝，并安排年羹尧协助管理西北军政事务。这一安排可能是出于对年羹尧的信任，同时也可能是为了确保对胤禵的控制。
雍正元年（1723年），年羹尧来到北京为康熙帝奔丧，雍正帝不仅加封他为二等阿达哈哈番世职，还赐予他太保衔，并晋封为三等公。此外，年羹尧的妹妹被册封为贵妃，地位仅次于皇后；他的长兄年希尧也被重新启用，担任署理广东巡抚；妹夫胡凤翚被任命为苏州织造兼苏州浒墅关监督；年已八旬的父亲年遐龄也获得了尚书虚衔。这一系列的举措显示了雍正帝对年羹尧家族的高度重视。
在年羹尧离京返回任所的路上，他还向雍正帝报告了山西的灾情，并请求及时赈济。雍正帝对此表示关切，并回复说希望年年岁岁都能看到年羹尧呈上的平安报喜的消息。
胤禵离任后，青海地区的蒙古和硕特部酋长罗卜藏丹津开始蠢蠢欲动，意图反抗清朝统治。西北局势因此变得紧张，雍正帝决定继续用兵西北，旨在稳定边疆的同时，也希望通过一场胜利来巩固自己的权力基础。在当时西北有宗室延信和年羹尧两人坐镇的情况下，雍正帝选择了出身汉军旗的年羹尧挂帅。
雍正元年（1723年）五月，雍正帝下令将四川、陕西、甘肃、云南四省的一切事务交由年羹尧办理，显示了对年羹尧的信任和支持。不久之后，雍正帝又以延信驻扎甘州、指挥不便为由，免去了延信的西安将军职务，改命年羹尧继配夫人的叔叔、缺乏军事经验的宗室普照署理西安将军，实际上将西安八旗驻防军的指挥权也交给了年羹尧。
同年八月，罗卜藏丹津正式起兵反清，雍正帝命令年羹尧等人派兵接应被袭击的亲清王公，并派遣在西宁的侍郎常寿前往罗卜藏丹津军中宣谕，试图令其罢兵。然而，罗卜藏丹津已决心叛乱，不仅拘禁了常寿，还率领部队进攻西宁及周边地区。
面对这一紧急局势，雍正帝于同年十月正式任命年羹尧为抚远大将军，率领大军前往西宁进行救援，并与罗卜藏丹津作战。最初，战局对清军不利，年羹尧被困西宁，但他表现得镇定自若，率领少数士兵坐在城楼上，假装城中有大量援军。罗卜藏丹津误以为其中有诈，于是率军撤退。年羹尧随即指挥军队出击，罗卜藏丹津未料到年羹尧兵力如此之少，未能做好充分准备。在战斗中，年羹尧命令军队向桌子山藏族人开炮，造成了藏族人大量的伤亡。随着岳钟琪的部队到达，直接进攻敌营，罗卜藏丹津最终败逃，仅率少数人逃离战场。
在年羹尧困守西宁期间，国舅隆科多曾秘密向雍正帝建议，应该派人牵制年羹尧，以防他倒戈造反。然而，怡亲王允祥却持反对意见，认为既然已经将大军交给年羹尧指挥，那么再派人掣肘会影响军事行动的顺利进行。雍正帝最终采纳了允祥的意见，继续信任年羹尧。
年羹尧在岳钟琪的辅助下，逐步扭转了战场上的被动局面。雍正二年（1724年）二月，年羹尧终于击败了罗卜藏丹津的主力部队，平定了青海叛乱。捷报传到京城时，正值清明节，雍正帝正在景陵祭奠先皇。得知这一消息后，雍正帝欣喜若狂，立即晋封年羹尧为一等公，并赞扬年羹尧及其部下不仅为他的“功臣”，更是他的“恩人”。
四、渐失信任
年羹尧平定青海后，继续镇守西北，处理善后事宜。在此期间，雍正帝对年羹尧的信任达到了顶峰，不仅在军事方面依赖他，就连朝中的重大事务，无论是否与军事有关，雍正帝都会私下与年羹尧商议。例如，在处理耗羡归公一事上，雍正帝采纳了山西巡抚诺敏的提议，但朝廷中的大臣们并不赞同。面对这种情况，雍正帝专门询问年羹尧的意见，表示：“此事朕不洞彻，难定是非，和你商量，你意如何？”在另一件事上，雍正帝打算将周敦颐、程颢、程颐三位儒学大家入祀孔庙，但考虑到父亲康熙帝已将朱熹入祀，如果将周、程置于朱熹之前，似乎不太妥当。雍正帝再次征求年羹尧的意见，希望他能“详细推敲奏来”。对于年羹尧的意见，雍正帝给予了高度评价，并要求大臣们仔细参考。
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