到了冬季，勒保与额勒登保、德楞泰一同上书，认为剿匪大局已基本稳定，建议适当撤军。然而，嘉庆帝认为巨匪尚未完全清除，不应急于求成，因而严厉驳斥了他们的提议。
嘉庆七年（1802年），勒保再次上书提出新的剿匪策略。他认为四川省自实施筑寨练团以来，叛军势力已大大减弱，建议分段驻兵，并率领团练协同作战。他还建议派遣熟悉军事的地方官员负责具体事宜，以实现军力与民力的互补，确保叛军无处藏身。清廷接受了这一建议。
一月，勒保成功在忠州捕获青号何赞。二月，李彬逃窜至南江，被建昌道刘清捕获。三月，张天伦和魏学盛再次在川北活动，勒保派遣总兵田朝贵前去围剿，但效果不佳。勒保随即亲自率领罗思举等人继续追击，并在巴州取得了大捷，张天伦和魏学盛均被击毙。
五月，勒保派遣罗声皋和达斯呼勒岱分别擒获了白号庹向瑶和青号徐天培，总兵田朝贵也在追击蓝号时击毙了杨步青。七月，刘朝选纠集青、蓝、黄号残匪窜至大宁，勒保派出将领迎击，罗思举擒获刘朝选，达斯呼勒岱击毙赖飞陇，因此被晋封为一等男。
十月，罗思举擒获张简，汤思蛟也在逃窜中被捕。十一月，思举再次擒获黄号唐明万。此时，四川地区的主要叛军头目几乎全部被擒或击毙，其余叛军逃入老林，不再构成大的威胁。而在陕西、湖北的叛军也被额勒登保和德楞泰所歼灭。十二月，勒保与额勒登保、德楞泰联名上书，报告剿匪成功，勒保被晋封为一等伯爵，并继续以“威勤”为号。
六、善后有方
嘉庆八年（1803年），勒保继续在四川执行剿匪任务，致力于搜捕剩余的叛军分子。这一年，他成功擒获了白号苟文富、宋国品、张顺以及青号王青，并成功招降了黄号王国贤。勒保与额勒登保、德楞泰联名上书，报告了这一成就，清廷确认叛乱已被彻底肃清。然而，陕西南山地区仍有残余势力，直到嘉庆九年（1804年）八月，这场叛乱才被完全平息。
嘉庆十年（1805年），勒保入京觐见嘉庆帝。嘉庆帝高度评价了勒保在四川推行的乡民筑寨练团政策，认为这一举措不仅有效阻止了叛军的焚劫行为，而且增强了地方对叛军的抵抗能力。随后，陕西和湖北也效仿四川的做法，大大加速了叛乱的平息过程。因此，嘉庆帝决定奖励勒保，加封他为太子太保，并赐予双眼花翎的荣誉，命令他返回四川继续镇守，并给予当地民众休养生息的机会。此时，勒保还负责解散乡勇，并鼓励他们加入正规军服役。
到了嘉庆十一年（1806年）秋天，陕西宁陕镇的新兵发动了叛乱。勒保派遣总兵唐文淑前往支援剿匪，叛军中的叛将蒲大芳最终绑架了叛乱首领请求投降，德楞泰接受了这一请求。然而，勒保认为叛军士兵的罪行比叛匪更为严重，如果轻易接受投降，则难以树立军纪。他担心这种做法会让其他士兵产生侥幸心理，从而导致军队纪律更加难以控制。勒保的这一观点得到了嘉庆帝的认可，皇帝命令他前往陕西处理善后事宜。不久后，又有消息传来，四川绥定的新兵也发生了叛乱，但最终被桂涵捕获并处决了叛乱首领，其余参与者也依法处置。
嘉庆十三年（1808年），凉山地区的彝族叛军扰乱了马边厅的安全，勒保指挥军队进行了有效的平叛行动。到了嘉庆十四年（1809年），勒保被晋升为武英殿大学士，但仍继续担任四川总督的职务。
七、回京病故
嘉庆十五年（1810年），勒保被召回北京供职。然而，由于他在四川期间未能及时上报匿名揭帖的问题，受到了降职处分，被改任为工部尚书，后又调任刑部。尽管遭遇了这样的挫折，勒保仍然在中央政府发挥着重要作用。
嘉庆十六年（1811年），勒保被任命为两江总督，短暂地离开了京城。然而，不久之后，他又被召回北京，并重新被授予武英殿大学士的职位，负责管理吏部事务。随后，他又被改任为兵部尚书，并被授予领侍卫内大臣的职务，表明他在军事和宫廷安全方面依然扮演着关键角色。
到了嘉庆十八年（1813年），勒保又被任命为军机大臣，并兼任管理藩院的职责。这表明他在中央政府中的地位进一步巩固，负责处理涉及边疆民族事务的重大决策。这一时期，勒保不仅在行政事务中发挥了重要作用，还在军事战略和边疆治理方面贡献良多。
然而，长期的劳累使得勒保的身体状况每况愈下。嘉庆十九年（1814年），他因健康原因请求退休，并获得了批准，但仍享受威勤伯的全俸待遇，显示出朝廷对他过去贡献的认可。
勒保晚年的生活相对平静，但健康状况一直未能好转。最终，在嘉庆二十四年（1819年），勒保因病逝世。嘉庆帝对他的逝世深感痛惜，追赠他为一等侯，并赐予他“文襄”的谥号，以此表彰他在维护国家稳定和社会秩序方面所做出的巨大贡献。
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