面对回军占据的大堡垒，海兰察并没有轻易放弃。他单骑前往五泉山侦察敌情，并在华林山中设下埋伏。当得知回军返回时，海兰察指挥伏兵突然出击，一举攻克了回军的堡垒。随后，清军进入回军营地，焚烧了他们的住所。回军被迫退守华林寺，海兰察率军包围了寺庙，并发动总攻，歼灭了许多回军，还将回军的头目斩首示众，震慑了当地民众。
在平定回民起事后，乾隆帝高度赞扬了海兰察的功绩，并授予其子安禄三等侍卫的职位。然而，和平并没有持续太久。乾隆四十九年（1784年）四月，甘肃的回民再次发动叛乱，秘密传播新教义。清廷任命尚书福康安视察军队，并授予海兰察参赞大臣之职，以协助处理此次危机。
回军在静宁底店驻扎，海兰察带领巴图鲁侍卫等精锐部队，逼近回军的据点。他精心布置伏兵，一举歼灭了大部分回军，并攻破了石峰堡，俘虏了回军首领张文庆等人。由于在此次行动中的杰出表现，海兰察的儿子安禄被提升为二等侍卫，并被允许在乾清门行走，还被赐予了骑都尉的世职。
四、平定台湾
乾隆五十二年（1787年），台湾爆发了林爽文领导的起义。面对这场突如其来的动乱，乾隆帝迅速作出反应，任命福康安为将军，并授予海兰察参赞大臣的职务，负责协助福康安平定叛乱。
十月，海兰察随福康安从鹿仔港渡海登陆台湾。三天后，海兰察率领二十名巴图鲁勇士前往彰化的八卦山进行地形侦察。此时，叛军刚刚在山上设置了关卡。海兰察骑马率先登顶，叛军见状蜂拥而至，海兰察拉弓射箭，射杀多名叛军士卒，其余叛军见状纷纷逃跑。乾隆帝得知海兰察以少胜多的表现后，特地下旨嘉奖了他。
十一月，海兰察自笨港开辟道路，与福康安共同救援被围困的嘉义。他们将部队分成五路，沿途搜剿叛军。从仑仔顶到仑仔尾，直至牛稠山，叛军约有一万余人据守溪水。海兰察越过溪流，径直冲上山去，攻克了叛军的堡垒。叛军见势不妙，纷纷逃窜。海兰察率军追击至大排竹，烧毁了叛军囤积的物资。嘉义的围困被解除后，乾隆帝赞赏海兰察身先士卒，勇略过人，并将其晋封为二等超勇公，赐予红宝石顶和四团龙补褂。
十二月，海兰察继续进剿城西的大仑庄和海岸线的叛军，并烧毁了城东兴化店和员林的叛军庄园。他督兵直捣北路，叛军屯驻在中林，异常剽悍，但海兰察冒着枪林弹雨，勇猛冲锋，成功攻克了叛军据点。大埔林、大埔尾等庄的叛军也被击溃。清军收复了斗六门，并抵达水沙连，叛军见势不妙，全部逃离。
海兰察根据叛军的踪迹追击，发现叛军头目刚骑上马准备逃跑，立即射落马下，将其擒获。随后，海兰察进攻大里杙，这里是林爽文起事的中心地带。在战斗中，海兰察歼灭了数十名叛军头目和两百余名党羽。林爽文逃入番社，海兰察率部从内山平砦仔一直追杀至集集埔。叛军寨子前有一条大溪阻隔，海兰察骑马渡过大溪，歼灭了寨中的叛军，并追击了十余里，到达浩淮角。
海兰察继续追剿小半天山寨的叛军，遍历东势角山峰的各个番社，并追至极北的炭窑，捕捉了剩余的叛军。乾隆五十三年（1788年）正月，清军在老衢崎捕获了林爽文，并将其押送至北京。乾隆帝为了表彰海兰察的功绩，解下自己的佩囊赐给了他。
台湾被平定后，乾隆帝赐予海兰察紫缰、金黄辫珊瑚朝珠，并再次将他的画像悬挂于紫光阁中。乾隆帝亲自题写的赞词中提到：“勇弗知书，谋胜智士。匹马弯弓，贼不敢视。欲致活口，射令勿死。进爵锡服，言难尽美。”这段赞词不仅肯定了海兰察的勇猛与智慧，也表达了对其卓越贡献的高度赞赏。
五、保卫后藏
乾隆五十六年（1791年），廓尔喀入侵后藏地区（今西藏日喀则地区），对当地造成了严重的威胁。清廷迅速做出反应，任命福康安为将军，海兰察为参赞大臣，率领巴图鲁侍卫和索伦兵一千多人前往征讨。部队从青海西宁出发，历经长途跋涉，于次年三月抵达后藏地区。
闰四月，海兰察与福康安抵达第哩浪古。为了更好地了解敌情，海兰察与福康安分别前往绒辖和聂拉木勘察地形，最终决定从济咙方向发起进攻。海兰察与阿满泰一起率军从中路前进。廓尔喀军在前方设有两座相互依托的碉堡，清军首先攻克了前方的碉堡，但廓尔喀军仍据守后方碉堡不肯撤退。海兰察果断指挥部队从侧面突破边墙，与敌军展开近战。在这次战斗中，海兰察英勇杀敌，击毙了三名敌军头目和两百多名士兵，并顺利进屯擦木。
随后，海兰察乘胜追击，攻克了玛噶尔辖尔甲山梁。廓尔喀军的首领带领部队逃入山中，清军设伏等待。当敌军到达半山腰时，清军突然杀出，迫使敌军边战边退。海兰察率军疾驰而下，对敌军形成致命打击，取得了决定性的胜利。在这次战斗中，海兰察的战马被子弹打中马蹄，乾隆帝得知后，特意告诫他：“作战时要稳重，不要轻易冒险。”
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