然而，在阎敬铭的劝说下，胡林翼逐渐意识到与官文建立良好关系的重要性。为了缓和紧张局势并确保湖北地区的稳定，胡林翼决定主动示好，每月奉送白银三千两，并与官文结为异姓兄弟。此外，他还安排官文的宠妾拜自己的母亲为义母，以此加深两家的关系。通过这些举措，胡林翼成功地改善了与官文的关系，使得双方能够更加紧密地合作，共同应对太平天国的威胁。
从此以后，凡是涉及东南各省疆吏、将帅的人事调动以及全局性的军事部署，胡林翼都会与官文协商后再上奏朝廷。特别是在一些敏感问题上，胡林翼会利用官文的身份来提出建议或请求，以达到更好的效果。例如，在推荐人才或者报告战果时，虽然实际工作多由胡林翼主持，但名义上总是将官文的名字列在首位，这样既维护了官文的面子，又保证了决策的有效实施。
当太平军失守武汉后，他们在湖北其他据点也相继丧失，被迫向东撤退。胡林翼根据“东征之师恃武汉为本，平吴之策先保鄂郡”的战略思路，决定巩固湖北作为湘军的重要基地。为此，他不仅扩大了军事上的胜利，肃清了湖北全境，还亲自留在省城管理政务，从多个方面加强了对湖北的控制。同时，胡林翼迅速调动鄂军主力前往九江，扼守湖北东部门户，防止太平军重新西进。这一系列措施有效地保障了湖北的安全，也为后续的战略行动奠定了基础。1858年四月，鄂军成功夺下九江，标志着湘军在战场上取得了重要的转机。由于调度有方，胡林翼被赏加太子少保衔。
同年秋天，胡林翼的母亲在武昌病逝，他扶柩回籍安葬。然而，在居丧期间，鄂军精锐部队在三河镇之战中遭遇惨败，李续宾阵亡，所部几乎全军覆没。很多人认为这次失败是由于缺少胡林翼的指挥所致，于是纷纷上书请求朝廷起用胡林翼。得知消息后的胡林翼悲痛欲绝，呕血不止。但他没有等待正式诏命下达，便立即启程返回岗位，着手恢复军队士气并重建防线。到了1859年春天，布防于江皖一带的鄂军水陆马步已达五万余人，实力甚至超过了三河之战前。
面对此次失利，胡林翼进行了深刻的反省，总结出“兵分力单”和“轩进攻坚”是导致失败的主要原因，也是过去多次战役中的通病。他认为当前缺乏具有智略的将领，于是开始专注于兵法研究，编写了《读史兵略》一书，该书汇集了《左传》《资治通鉴》等历史文献中的军事内容，旨在为将领们提供学习材料，提高整体军事素养。
咸丰九年（1859年）春夏之际，太平天国石达开部开始西进，经湖南向四川方向移动。胡林翼意识到这可能对湖北乃至整个西南地区的安全构成威胁，因此他迅速派遣军队前往湖南支援，并且担忧四川一旦失守，将失去重要的上游地理优势。为了加强防御并为曾国藩争取更多权力，胡林翼通过官文向朝廷提议让曾国藩入川督军并兼任四川总督。然而，清廷仅同意曾国藩督军，而不愿授予其总督之职。曾国藩本人也不愿意远赴四川，在中途滞留湖北，与胡林翼商讨联合进攻安徽的计划。最终，在胡林翼的推动下，清廷批准了这一计划。
同年秋冬，胡林翼与曾国藩联手大举进攻安徽。胡林翼不仅负责调度各路军队，还亲自率领一支队伍从英山、霍山出发攻取舒城。面对太平军骁将陈玉成和十余万捻军的顽强抵抗，战事异常激烈。在此过程中，胡林翼坚持统一指挥的重要性，不顾曾国藩的反对，力主由满族将领多隆阿担任前线统帅，以确保各部队协同作战。
咸丰十年（1860年）初，湘军成功攻克太湖和潜山，随后江南大营被太平军摧毁。四月，曾国荃部包围安庆，而曾国藩则被任命为两江总督，并很快得到了实授及钦差大臣的身份。此时，清廷不断催促曾国藩东进夺取苏州、常州等地，但曾国藩更专注于巩固在安徽的战果，不愿急于向东推进。为此，他提出了一个“三路进兵”的方案来应对朝廷的压力：一路由池州进攻芜湖；一路由祁门至旌德、太平图取溧阳；另一路由广信、玉山至衢州。胡林翼认为这种策略过于保守，建议合并为一路，并增加两路分别指向杭州和扬州，以此增强攻势。他还积极支持曾国藩，将自己麾下的鲍超等部划归其指挥，同时推荐左宗棠等人担任要职。
尽管如此，曾国藩在皖南祁门驻扎期间几乎陷入绝境，指挥调度受到极大限制。在这段时间里，胡林翼承担起了联络各方军队特别是江北军事的任务，全力筹划兵马粮饷等事宜。
同年秋，第二次鸦片战争爆发，英法联军逼近京畿，清廷紧急调遣援军北上。钦差大臣胜保趁机请求调用鲍超所部，意图控制湘军力量。面对这种情况，胡林翼与曾国藩共同商议对策，最终决定由两人中的一人亲自率军北援，以防胜保染指湘军。但由于《北京条约》的签订，第二次鸦片战争结束，北援行动也随之取消。
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