咸丰四年（1854年），湘军水师在从沙口返回沌口的途中遭遇了太平军的猛烈炮击。在这次战斗中，彭玉麟所乘坐的战船桅杆被炮火打断，船只无法继续前进，情况十分危急。就在此时，杨岳斌驾驶的战船经过，但当彭玉麟向他呼救时，杨岳斌却假装没有听见，迅速离开了现场。幸运的是，彭玉麟部下的成发翔恰好驾着一艘舢板经过，彭玉麟得以跳入其中逃过一劫。事后，湖北巡抚胡林翼上书称赞彭玉麟“忠勇冠军”，并指出其胆识与坚定。清廷也对此事给予了嘉奖，并以道员的身份记名。
随着战争局势的发展，塔齐布去世，萧捷三也在战场上阵亡，内湖水师失去了领导核心。在这种情况下，曾国藩决定调遣彭玉麟来江西接管内湖水师。当时彭玉麟正在长沙休假，接到命令后，尽管袁州、瑞州等地已被太平军占领，导致前往江西的道路受阻，彭玉麟仍然设法伪装成一名游学乞食者，穿着破旧的衣服徒步行走七百里，巧妙地避开了沿途太平军的盘查，最终成功抵达南昌的曾国藩大营。接手内湖水师后，彭玉麟进行了大规模的整顿和扩充，使得水师规模达到了十营六百艘船，大大增强了战斗力。
到了咸丰六年（1856年），彭玉麟因功被提拔为广东惠潮嘉道。在此期间，他在樟树镇、临江吴城以及涂家埠等地多次击败太平军，重新夺回了南康等地，展现了卓越的指挥才能。紧接着，在咸丰七年（1857年），由于曾国藩回家处理父亲丧事，彭玉麟与杨岳斌共同接过了曾国藩麾下湘军的指挥权。同年九月，湖口地区的拉锯战迎来了转折点，随着鄂东地区战斗的结束及江西援军的到来，第二次湖口战役拉开序幕。彭玉麟与杨岳斌商定采取夹击策略进攻湖口，然而内湖水师却被困于石钟山和梅家洲外，难以突破敌人的防线。面对这一困境，彭玉麟果断指挥内湖水师分三队强行突围，与此同时，杨岳斌率领外江水师到达湖口附近提供火力支援。通过这次行动，两支分离已久的水师部队终于实现了会合，极大地鼓舞了士气。随后，他们联手攻克了湖口及其对岸的梅家洲，彭玉麟也因此获得了加按察使衔的荣誉。
进入咸丰八年（1858年），彭玉麟与杨岳斌带领湘军水师连续攻占了枞阳、大通、铜陵和峡口等多个太平军据点，配合陆上的李续宾部队成功收复九江府城。对于这一系列胜利，清廷再次给予高度评价，授予彭玉麟布政使衔作为奖励。
五、连战克捷
咸丰十年（1860年），彭玉麟与杨岳斌合并兵力，共同应对太平军的威胁。他们分兵救援受到攻击的彭泽和湖口，并成功攻克了都昌。这次行动不仅巩固了湘军在长江沿岸的地位，也为后续的战略部署奠定了基础。
到了咸丰十一年（1861年）初，彭玉麟抵达下巴河，指挥水师阻止了太平天国陈玉成部渡江南下的企图。这一胜利对于保持清廷对长江下游地区的控制至关重要。一个多月后，清廷授予彭玉麟广东按察使之职，以表彰他的贡献。随后，彭玉麟与李续宜合作，率部采取水陆并进的方式，连续攻克了湖北孝感、天门、应城、黄州、德安等地，进一步削弱了太平军的力量。鉴于其卓越的表现，朝廷决定擢升彭玉麟为安徽巡抚，并命令他协助钦差大臣袁甲三处理军务。然而，彭玉麟认为自己更擅长军事而非民政管理，担心自己的长处得不到发挥，因此三次辞谢该任命。最终，朝廷尊重了他的意愿，改任他为水师提督，继续发挥他在海军方面的专长。
进入同治元年（1862年），彭玉麟被任命为兵部右侍郎，并奉诏节制镇将。尽管职位提升可能引起同僚间的嫉妒或不满，尤其是与杨岳斌的关系，但彭玉麟通过巧妙地协调双方关系，确保了两人能够和平共事。此外，他还负责监管新设立的太湖水师。同年，彭玉麟率领湘军水师配合曾国荃的陆军进攻江宁府（即太平天国首都天京）。经过一系列艰苦卓绝的战斗，包括攻克铜城闸、巢县、含山、和州等要地，以及突破雍家镇、裕溪口等重要据点，最终占领了长江上的关键位置金柱关。每次战役中，彭玉麟总是亲临前线督战，乘坐小船跟随部队前进，并使用红旗作为指挥标志，以此激励士气。有时，他还会秘密潜入陆军阵地考察作战情况，这种随机出现的方式让所有官兵都不敢有丝毫懈怠。在他的严格监督下，军队纪律严明，所到之处军民均不敢违法乱纪。
随着战事的发展，彭玉麟协同王明山等人攻陷江宁头关，而曾国荃则驻扎于城南雨花台。彭玉麟带领湘军水师进抵江宁护城河口，面对太平军从东坝拖出数百艘战船布防于固城和南漪两湖的情况，彭玉麟果断指挥水师小艇深入湖泊作战，最终击溃敌方防线。接下来的一年里，彭玉麟与杨岳斌再次联手，向江浦发起攻势，迫使守军撤退。随后，他们集中力量攻打九洑洲这个战略要地，在付出重大代价后终于将其攻克。自此以后，湘军水师可以在长江上自由航行，不再受阻。紧接着，彭玉麟又参与了解除青阳之围的行动，并与鲍超部联合攻占高淳、东坝、溧水等地，彻底切断了天京的所有物资补给线。为此，清廷赐予彭玉麟黄马褂以示嘉奖。不久之后，随着杨岳斌调往江西督师，彭玉麟开始独自统领整个湘军水师。
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