然而，5月中旬，当两支部队试图在巨野和菏泽地区展开行动时，遭遇了提督刘铭传指挥下的淮军重创。面对不利局面，赖文光和张宗禹决定暂时分开行动，各自前往苏北、皖北和豫东一带游击作战。这种灵活多变的战术成功地打破了曾国藩“以静制动”的战略部署，使得清军难以形成有效的包围圈。
为了应对这一挑战，曾国藩调整了防御策略，提出了新的防线：西面以沙河和贾鲁河为界，南面则依托淮河，北面从朱仙镇至开封沿黄河两岸挖掘壕沟设防，意图将捻军困于鄂、豫、皖交界的区域内。但是，9月中旬，赖文光敏锐地察觉到了清军的这一动向，并发现朱仙镇至开封之间的堤墙尚未完全建成。于是，他果断出击，带领部队经由尉氏、中牟等地快速推进，于9月24日夜突然袭击开封南面的芦花冈堤墙，一举突破了河南巡抚李鹤年所部的防守，顺利越过防线向东挺进。这次突袭彻底粉碎了曾国藩精心策划的河防计划。
尽管取得了多次胜利，但长期流动作战也给新捻军带来了诸多问题，如缺乏稳固的根据地以及无法得到其他起义力量的有效支援。意识到这一点后，赖文光决定实行分兵策略，派遣张宗禹等率领一部分兵力前往陕西、甘肃地区，寻求与当地的回民起义军联合，从而形成东西呼应之势。而他自己则继续留在中原地带活动。然而，分兵之后的情况并未如预期般理想，由于清军严密监控，东西两路捻军未能实现有效的配合。
10月底，赖文光、任化邦等人率领东捻军尝试跨越黄河故道进入山东西南部，计划攻击运河堤墙并在该区域扩充队伍、筹集粮草。然而，在一个多月的时间里，他们在郓城至江苏丰县、沛县之间反复尝试渡河均未成功。无奈之下，12月初，东捻军不得不撤回到河南，并于22日抵达湖北东北部。
此时，赖文光提出了一个新的战略构想：主力部队向四川挺进，同时留下部分兵力驻守湖北，并派遣另一支队伍攻打河南与陕西交界的荆子关，试图重新建立基地并与西北地区的回民起义军及西南边疆的苗民起义势力取得联系。这一计划得到了东捻军将士的支持。与此同时，接替曾国藩担任钦差大臣的李鸿章针对前任的战略缺陷，提出了更为灵活的“扼地兜剿”方略，即通过诱敌深入复杂地形后再进行多面围攻。这无疑增加了新捻军在未来战斗中的难度。
六、力渐不支
1867年初，东捻军在赖文光的领导下继续与清军进行艰苦卓绝的战斗。1月11日，在湖北钟祥罗家集，东捻军击伤了提督郭松林，并歼灭了约4000名清军士兵。随后，1月26日在德安杨家河再次痛击总兵张树珊所部淮军，消灭数百人。这些胜利为东捻军带来了短暂的喘息机会，他们随即向京山、安陆、襄阳、枣阳等地移动，最终又回到了安陆附近，集结在京山尹隆河（永隆河）一带。
2月19日，东捻军在尹隆河地区首先击败了刘铭传的部队，击毙了包括总兵唐殿魁、记名总兵田履安、副将吴维章在内的600多名清军官兵，并击伤了更多敌人。然而，正当东捻军士气高涨时，湘系提督鲍超却从背后发起了猛烈攻击。面对突如其来的威胁，赖文光迅速调整战术，激励将士们奋勇作战，试图“斩刘捉鲍，长驱西上”。尽管东捻军表现出了极大的勇气和决心，但清军使用劈山炮等重型武器轮番轰击，导致东捻军损失惨重，许多马匹被击倒，战斗力大减。经过一天激战，东捻军最终被迫撤退，阵亡万余人，另有8000多人被俘。
尹隆河之战后，赖文光率领残余部队奋力突围，北上进入河南，并沿鄂豫边境向东推进至信阳府境内。3月初，他们再次进入湖北，通过黄安、麻城、蕲水、广济等地到达黄梅。3月23日，在蕲水六神港，东捻军取得了又一次重大胜利，击毙了记名布政使彭毓橘及提督罗朝云、总兵彭光友等30余名高级将领，消灭了约8000名湘军士兵。但是，由于清军的水陆联合阻击，东捻军未能实现西渡汉水入川的战略目标，只能重新返回钟祥臼口和京山尹隆河一带。
5月上旬，东捻军再次尝试进入湖北，抵达汉水东岸，但由于刘铭传等部的追击，无法顺利渡江，只得经由京山、钟祥、枣阳等地北上，最终放弃了由湖北挺进四川和陕西的计划。
6月10日，赖文光率部进入山东曹州府境。6月3日，在梁山人民的帮助下，东捻军成功从戴家庙渡口过运河，冲破了长墙防线，进驻东平。随后，他们继续向东进攻泰安，逼近济南，并于6月底进入了山东半岛，接近烟台。然而，此时道员潘霨勾结英法军队加强防御，天津洋枪队也渡海支援，加上山东巡抚丁宝桢亲自带兵镇压，东捻军不得不撤退到福山、宁海（牟平）一带活动。
进入胶东后，李鸿章仍然坚持“扼地兜围”的战略方针，决定以运河为外圈、胶莱河为内圈进行布防，同时利用黄河作为北部防线，苏北六塘河作为南部防线，对东捻军形成严密包围。赖文光得知清军在胶莱河设防后，立即调整方向，转向莱阳、即墨，试图突破胶莱河南部的麻湾口未果，转而北上突击新河，同样未能成功。最后，赖文光发现胶莱河北部入海口处因沙滩难以筑墙，且潍河北段自下营至海口一段的防御工事尚未完工，便于8月19日集中兵力从海神庙外海滩突破防线，成功渡过潍河，向西进入潍县、昌乐等地。这一行动彻底打破了李鸿章精心策划的“扼守胶莱之策”。
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