闰五月初七日，刘永福与台南文武官吏一百余人歃血为盟，约定他为抗日保台的盟主，誓言与日本战至台湾最后一寸土地。台中知府黎景嵩告急求援，刘永福派易顺鼎带三营兵力驰援台中，但易顺鼎中途变卦，刘永福送他登船内渡。七月四日，刘永福收到日本首任台湾总督桦山资纪的劝降信，刘永福严词拒绝，并誓言恢复台北。然而，抗战局势日益恶化，苗栗、大甲溪接连失守，吴彭年与台湾义军退守彰化。刘永福派兵增援，但八卦山炮台失守，吴彭年、吴汤兴、李士炳力战阵亡，残兵退守嘉义。日军逼近台南，刘永福亲赴前线部署，后在谋士吴桐林建议下返回台南坐镇，派杨泗洪率军抗敌。杨泗洪围攻日军前锋，日军亦受重创，退回彰化，王德标趁机收复云林。此时，日军内部疾病流行，近卫师团长北白川宫能久亲王病逝。刘永福与日军以浊水溪为界，对峙约一个月
八、退回大陆
光绪二十一年（1895年）闰五月，易顺鼎被刘永福遣回大陆，试图请求张之洞等督抚为刘永福提供军械支援，但均遭拒绝。只有张之洞手下的道员恽祖祁等人筹集了一部分款项。七月二十七日，易顺鼎带着筹到的6000两银子抵达台南，但这对于急需军火和物资的台湾抗日军民来说，无疑是杯水车薪。刘永福对此大失所望，加之与易顺鼎在诸多事务上的意见不合，易顺鼎在十天后返回大陆。易顺鼎没有能够为台湾抗日军民带来期望中的军械支援，严重打击了抗日军民的斗志。紧接着，吴桐林也前往大陆寻求军饷，结果同样无功而返。
此时，日军第二师团长乃木希典率领约人的大军增援台湾，加上日本方面收买了台南的汉奸胥吏高慧等人，对刘永福的底细及布防情况了如指掌，使得台南的陷落几乎成为定局。
八月十五日，嘉义保卫战打响，但在日军近卫师团的强大攻势下，嘉义于二十日失陷。与此同时，日军的其他两路部队也开始行动：一路是第二师团的混成第四旅团于八月二十二日从澎湖登陆布袋嘴港；另一路是第二师团的主力及混成第三旅团，同样在八月二十二日从澎湖登陆恒春东港、枋寮之间。在三路日军的夹击之下，台南的局势岌岌可危。
在这个关键时刻，刘永福在儿子刘成良和英国驻台南领事欧思讷的劝说下，决定离开台湾。欧思讷在八月二十二日将刘永福写给桦山资纪的信交给驻扎澎湖的南进军司令官高岛鞆之助，要求日军不得伤害百姓，并且必须厚待自己和部下，以便顺利内渡。然而，高岛鞆之助认为刘永福的言辞过于傲慢，于翌日复信拒绝，并要求刘永福亲自前来日军大营乞降。同时，刘永福还请英国人向近卫师团递交自己的信件，要求停战议和，然后再内渡，但同样遭到拒绝，并被要求投降。刘永福被激怒，继续坚持抗战。
八月二十八日，日军第二师团的主力及混成第三旅团占领凤山县，混成第四旅团先后在王爷头、曾文溪与台湾军民激战。到九月初二日，徐骧阵亡，王德标失踪。易顺鼎一直建议刘永福效仿历史上的人物如王保保、李定国，退入台湾内山（中央山脉）展开游击作战。但此时台南已经弹尽粮绝，人心惶惶，刘永福在九月初三日带着儿子刘成良等十余人乘坐英国商船“多利士”号内渡。翌日，刘永福抵达厦门，虽然乘客遭到日军盘查，但刘永福幸运地未被发现。最后他另雇小艇，从轮船上吊着落艇，得以平安上岸。就在他抵达厦门的当天，日军占领了台南府城，标志着台湾反割台斗争的结束。
刘永福内渡后，辗转抵达广州。两广总督谭钟麟立即准备安排他的职务，考虑到南澳镇与澎湖岛对照，刘永福再回本任“恐生枝节”，遂于十月初六日请示清政府是否可以让刘永福调任南韶镇总兵。然而，刘永福此时身心俱疲，上书请求开缺回籍调理。谭钟麟查明属实后，电呈清政府请旨。十一月十六日，清政府电谕准许刘永福开缺回籍，并命前任台湾镇总兵万国本补授南澳镇总兵。
日本驻华公使林董在报纸上读到这一消息后，向清政府提出抗议，要求追究刘永福抵抗日军的责任，但被清政府驳回。此后，刘永福便在钦州闲居养病
九、老骥伏枥
甲午战争后，帝国主义列强掀起瓜分中国的狂潮，清廷要求各地将军、督抚举荐“老于兵事，缓急可恃”的武官以抵御外侮。两广总督谭钟麟在光绪二十三年（1897年）冬敦请刘永福复出。刘永福赴广州谒见谭钟麟，被委任为军械局总办，月薪三百两。然而，光绪二十四年（1898年）初，刘永福辞职，并投入重建黑旗军的工作中。他回到南宁，在左右两江各府县招兵买马，从一万余人中挑选2000余人，组成了新的黑旗军（福字营）。在此期间，刘永福还曾两次调停民间械斗，显示了他在地方上的威望和影响力。
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