1859年，科学界围绕“生物是否自然发生”的争论达到了白热化。传统的自然发生论认为，许多生命形式是自然产生的，无需父母的繁殖过程。这一理论在当时被广泛接受，但也有不少科学家对此表示怀疑。这一年，查尔斯·达尔文发表了《物种起源》，提出了进化论，这给了路易斯·巴斯德重要的启示。达尔文的理论表明，生命是逐渐进化的，现代的生物是由过去的生物演变而来。这一观点让巴斯德开始质疑自然发生论的合理性，他决定通过实验来验证这一理论。
巴斯德设计了一组巧妙的实验来测试自然发生论的正确性。他选取了两种瓶子：一种是曲颈瓶，另一种是直颈瓶。在每个瓶子里放入肉汁，然后用火加热，将肉汁和瓶子彻底杀菌。实验的关键在于曲颈瓶的设计，它的颈部弯曲，可以阻止空气中的微生物进入瓶内，而直颈瓶则没有这种保护。
实验结果显示，放在曲颈瓶里的肉汁经过4年的时间依然没有腐败，因为曲颈瓶的设计阻止了空气中的微生物进入。而放在直颈瓶里的肉汁很快就变坏了，因为微生物可以直接进入瓶内。这一实验结果明确地证明了肉汁的腐败是由微生物引起的，而不是自然发生的。巴斯德的这一发现彻底推翻了自然发生论，证明了微生物的存在和传播机制。
巴斯德的实验结果很快得到了科学界的认可，人们开始相信生命不是自然产生的，而是由微生物引起的。这一发现不仅在生物学领域产生了深远影响，还对医学和公共卫生领域产生了重要影响。人们开始意识到，伤口的腐烂和疾病的传染都是由细菌引起的，因此消毒和预防的方法在医学界迅速流行起来。
1862年，巴斯德因其在微生物学和化学领域的杰出贡献，当选为法国科学院院士。这一荣誉实现了他恩师毕欧（Jean-Baptiste Biot）长期以来的愿望。巴斯德正式成为科学院院士的第二天清晨，他和夫人手捧鲜花，来到毕欧的墓前，献花默祷，向长眠于地下的恩师报告这一喜讯。这一举动不仅表达了他对恩师的感激之情，也展示了他谦逊和感恩的品格。
尽管巴斯德在科学研究上取得了巨大成功，但他的个人生活却充满了悲痛。从1859年到1865年间，他失去了四位亲人——父亲、两个女儿和一个儿子。这些打击令他悲痛欲绝，但并没有动摇他对科学的执着追求。他继续投入到科学研究中，希望通过自己的努力为人类带来更多的福祉。
1867年5月，巴斯德的辛勤工作终于得到了国际社会的认可。在“万国博览会”中，他因为低温灭菌法（即巴氏消毒法）所取得的成就而获得杰出奖。这一奖项不仅肯定了他的科学贡献，还使他被聘为索邦大学（Sorbonne University）的化学教授。巴斯德并没有对自己发明的巴氏消毒法申请专利，而是将其公开，他认为利用研究结果获利是学者的耻辱。
七、蚕医生
19世纪60年代，欧洲大陆的蚕卵普遍感染了一种严重的疾病，这对法国的蚕丝业造成了毁灭性的打击。全国三千六百个市长、议长及养蚕者纷纷上书上议院求助，政府因此成立了一个专门研究蚕病的委员会。巴斯德的老师杜马（J. B. Dumas）担任委员会主席，他立即想到了巴斯德，希望他能解决这一棘手的问题。尽管巴斯德自认为对蚕一无所知，甚至连蚕的形态也不清楚，但在了解到法国每年因蚕病损失高达1亿法郎时，他毅然接受了这一任务。
1865年7月，巴斯德抵达了法国南部的养蚕重镇阿拉斯（Alais），开始亲身体验和研究蚕病。病蚕的身上长满了棕黑色的斑点，法国人称这种病为“胡椒病”。得了这种病的蚕，有的在孵化后不久就死亡，有的勉强活到第三龄或第四龄后也难逃一死。极少数的蚕虽然能够结茧，但钻出茧的蚕蛾往往残缺不全，它们的后代同样是病蚕。当地的养蚕人尝试了各种方法，但都无法治愈这种疾病。
巴斯德用显微镜仔细观察病蚕，发现了一种很小的、椭圆形的棕色微粒。他推测这些微粒可能是导致蚕病的元凶。为了验证这一假设，巴斯德进行了详细的实验。他将这种微粒刷在桑叶上，然后让健康的蚕食用这些桑叶。结果，这些健康的蚕立刻染上了“胡椒病”。这证明了这种微粒确实是传染源。
巴斯德进一步研究发现，这种微粒可以通过多种途径传播。他指出，放在蚕架上面格子里的蚕的病原微生物，可以通过落下的蚕粪传染给下面格子里的蚕。因此，他强调所有被感染的蚕及污染的桑叶必须销毁，必须用健康的桑蚕从头做起。
除了“胡椒病”，巴斯德还发现了一种细菌性软化病。这种病的病原体是一种寄生在蚕肠道里的细菌，会使整条蚕发黑死亡，尸体像气囊一样软，很容易腐烂。巴斯德告诉人们，消灭这种蚕病的方法其实很简单：通过检查淘汰病蛾，防止病害的蔓延，不使用病蛾的卵来孵化蚁蚕。这一方法迅速被养蚕人采纳，效果显着，挽救了法国的养蚕业。
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