这场战役中，自来也、纲手、大蛇丸三人为木叶立下了无数功劳，同时他们三人的名号也威震忍界，然而，不幸的事情也随之来临，自来也接到一个蛤蟆送来的卷轴，他们得知那三个孩子死了，自来也意识到自己曾经的做法是错误的，然而这也是大蛇丸预料之中的事情，毕竟战争是残酷的。
战争是残酷的，纲手的弟弟绳树误入爆炸符坑，被炸死。纲手在与木目功刀、爱人加藤断一起执行任务中，发现内脏被掏空，奄奄一息的加藤断，自己全力治疗无果，给纲手的心灵留下了极大的创伤，这也导致了后来纲手患上了晕血症。
第三代火影去世，火影的位置空着，而卡卡西在对付突然来袭的“晓”成员——宇智波鼬时，亦中了其幻术，身心备受折磨而需长期待在医院；而佐助亦被鼬击败，故此自来也决定带同鸣人，前往寻找深谙医术、“三忍”之一的纲手。此行目的除了请其为卡卡西及佐助治疗，亦打算邀请她回来担任火影一职。后来在短册街酒馆内偶然遇上纲手及其助手静音，但纲手对鸣人成为火影的梦想冷嘲热讽，使鸣人感到不满。喜欢赌博的纲手亦跟鸣人打赌，如果对方能在短时间内学会螺旋丸，便把项链送给他。鸣人亦答应这个约定。
大蛇丸的双手被第三代火影废了后，不单要面对难以忍受的痛楚，而且也不能使出任何需要结印的忍术。最后也决定和药师兜一同前往寻找“传说三忍”之一、拥有高超医疗忍术的纲手，希望让她治疗大蛇丸的双手。后来他们在短册街的城堡处找到纲手。
大蛇丸向纲手提出条件，只要她肯答应为其治疗被三代所废的双手，就可以把她死去的人──加藤断及绳树进行复活，后又加上不会摧毁木叶隐村这个条件。 纲手尽管很想见到亲人，但她知道大蛇丸是不会轻易放过摧毁木叶村的机会，便假装答应大蛇丸治疗双手，然后对他进行偷袭。
兜看出纲手准备偷袭大蛇丸，立即掷出手里剑分开大蛇丸及纲手。纲手跟大蛇丸、药师兜之战瞬间展开，交易失败。 伤重苏醒 兜认为在城堡的地方不利于跟具有怪力的纲手对战，于是便把纲手引到山丘处。纲手一路走到山丘后，感到非常累，但是中途兜服用了兵粮丸，并使出具有攻击力的医疗忍术.查克拉手术刀，把查克拉注入纲手的手及腹剖的肌肉中，让纲手的神经系统痛苦。对于兜的高超医疗忍术及身手，纲手也感到吃力。及后更对纲手胸口施以一掌，使其难于呼吸。
纲手亦报以其绝技“医疗攻击.术乱身冲”，将查克拉化成电力注入兜体内，麻痹其神经系统，令兜的手脚不能自由活动。但兜凭自身的医疗知识，很快突破麻痹状态，正想进行反击，刚好也被赶到的自来也、静音及鸣人击退。 [8] 接下来由于大蛇丸知道纲手的弱点，在纲手要给予兜最后一击时，兜放血，纲手的恐血症拖了后腿顿时纲手全身颤抖、动也不能动，只能任由他人攻击。
但是由于鸣人的奋不顾身，纲手克服了恐血症，由于鸣人被兜重伤昏迷，大蛇丸转移目标并想杀死鸣人，纲手快速的上前帮鸣人挡下大蛇丸的攻击，由于纲手各处损伤严重，随即打开阴封印·解，使用禁术“忍法·创造再生”让身体各处再次恢复。
随后纲手用了通灵之术召唤蛞蝓，传说“三忍”自来也、纲手与大蛇丸展开决战，又分别召唤各自的通灵兽，大蛇丸败在力量型的纲手之下，后来大蛇丸使用了他常用的舌头攻击纲手，这招之前还把自来也塞进石缝里，但是被纲手用怪力破解了，随后纲手又用怪力破解了草雉剑，连三代都抵挡不住的草雉剑就这么简单的被纲手破解了由此看出纲手已经将怪力用得淋漓尽致。
当这两样东西都被破解后，大蛇丸早就没有对付纲手的办法，所以只能逃跑。但在他逃跑的途中早就被纲手打垮。一场混战后，大蛇丸及万蛇均被纲手、自来也联手击败。兜立即救醒大蛇丸，并与大蛇丸一同撤退。
三忍之战结束，因为被鸣人想当火影的决心及意志所感动，击退大蛇丸后，她决定返回木叶忍者村担任第五代火影一职。她对血的恐惧亦在这次战役中自行治愈，也把家传项链再次送给鸣人，并期待鸣人将来能成为火影。她所给予的项链日后也发挥作用，因为来自暗部的大和能够通过项链控制鸣人的九尾查克拉，能有效控制鸣人不化身为九尾妖狐（后来项链在与佩恩的战斗中被尾兽化的鸣人捏碎了）。
纲手回村后，担任第五代火影，在静音的辅助下，协助处理木叶忍者村的大小事，例如：佐助叛逃，跟其他村交涉活动建立良好关系，为受伤的旗木卡卡西、李洛克及秋道丁次进行治疗，接受国内国外的各项任务及安排担任的忍者。不过，最令她烦恼的不是这些职务，而是在担任火影后仍未减少的债务，反而不断增加。
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