在“罗塞之墙”（Wall.Rose）南部的托洛斯特区防卫战中，看到同班的托马斯·瓦格纳被奇行种吃掉后，艾伦立刻愤怒地追杀那个巨人，在中途被巨人咬断一只腿，撞落在屋顶上。为了救阿明，艾伦重新站了起来，代替阿明被巨人吃掉。于巨人体内时因其父注入体内的巨人化能力觉醒，变身成巨人再次出现，并一连杀了20只巨人。托洛斯特区夺还战中，变身为巨人，但出现暴走，后在阿明的呼唤下恢复自我意识，举起巨石将城门堵住。
后来被宪兵团关押在地下牢房，艾尔文、利威尔和韩吉先后过来探望，在此期间，艾伦向艾尔文和利威尔表明了自己想加入调查兵团的意志，利威尔同意了他的要求，并决定亲自接管艾伦。随后艾伦受到审议，在审议中因为自己的巨人身份遭到诸多非议，商会、教会的人打算就地处决艾伦，宪兵团师团长奈尔·德克则打算把艾伦解剖并制成标本，三笠在庭上为艾伦极力辩护，结果不但没有人相信，还因为9岁时和艾伦反杀绑匪的事件被人质疑是人类形态的巨人之一。见此场景，艾伦再也忍不住自己满腔的怒火，当庭怒斥在场的人是胆小鬼，就在事情变得白热化时，利威尔当着所有人的面以“教训”的名义暴打了艾伦。在艾尔文的推波助澜下，达里斯·扎卡里总统最终决定将艾伦交由调查兵团，由利威尔·阿克曼做看护人。
加入调查兵团后，艾伦、利威尔与佩特拉·拉鲁等人组成的利威尔班作为诱捕巨人的诱饵参加了墙外调查，结果遇上了女巨人，本想变身巨人参与战斗，但被利威尔班阻止。在看到利威尔班团灭后，艾伦彻底崩溃，认为是因为自己选择相信同伴结果害死了他们，盛怒之下立刻变身为巨人与女巨人战斗，在认出女巨人真身（阿尼·利昂纳德）后愣住，结果败北，后被三笠和利威尔救下。
大战巨人
后来和众人共同擒获女巨人，起先艾伦有所犹豫，不想变身和她战斗，在听完三笠的战斗原因后，下定决心开始战斗。和女巨人战斗到最后开始一心想要杀了巨人包括真身阿尼，在看到流泪的阿尼后愣住，使阿尼趁机结晶化，而艾伦也被随后赶到的利威尔从巨人身体里强行拉出。
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