除了人祸，泉州港衰落的原因，还有淤积。
在泉州港兴盛的时期，远洋货船可以一直开到九日山脚以及洛阳江口，而到了明末，洛阳江口几乎成了滩涂。
太初三年，郑氏海盗集团在辽南海战中惨败，郑森退往倭国，投靠幕府德川家光。
郑森的溃逃，造成郑氏势力四分五裂，也直接导致明国在福建统治的全面崩溃。
广德三年，浙江江苏新政完成后，第七兵团(骑兵团）奉命由浙江南下，进入福建，沿途几乎没遭遇任何抵抗。
史书记载，（明军）不战而降者，“大小官一百九十一员，马步兵两万三千人”。
广德三年六月。
第七兵团前锋越过仙霞岭，于汀州击溃残明军队，斩首千余，隆武帝朱聿键、鲁王朱以海率残部狂奔逃窜，后逃入泉州，作困兽之斗。
七月初，第六舰队炮击泉州城。
此时，驻守泉州的明国福建总兵曾国祚，兵力四千，负责防守泉州周围的县城以及要塞。
守军有“浙直兵一千七百名，本地土兵一五百名”共计三千二百人。
以及萨摩武士七十七人，佛朗机诸国水手商人四百五十人。
火炮舰船齐备，周围还有左良玉残兵一部三千人。
广德三年七月十五日，第七兵团主官王增斌令第一营、第二营会同登陆洛江口的第六舰队一部，共计八千人马，合力围攻泉州。
史料记载：“一时山海并发，四面蜂起，各乡村叛民为之羽翼，建立寨堡，城中奸徒为之腹心，意图内应”明贼拼死抵抗，而城外各据点很快被齐军攻克。
八月初五日，第七兵团主力抵达泉州府城之外。
曾国祚见形势危急，亲率数百名骑兵，开门冲击齐军大营。
王增斌令第一营营官张进、第二营营官杨显才迎战，吴阿衡遣孟进宝等人由水路夹击明军。
赵国祚大败，撤回城内。
经此一战，泉州明军伤亡过半，七十余倭寇悉数被歼，幸存的十多名佛朗机人夜缒而出，向齐军投降。
齐军所向披靡，周边郑森残部，惶惶如丧家之犬，争先向晋江逃窜，泉州由此成为孤城。
八月初八日，第六兵团主力与第七兵团主力在泉州城东崇福寺顺利会师。
吴阿衡和王增斌已经多年未见，两位主官在寺庙禅房坐定，来不及叙旧，便立即商议接下来对明军的歼灭战。
为了稳妥起见，王增斌建议先扎营：
“敌寡我众，海贼没有援兵，我等粮草充足，可做长期围困，待其自乱，不攻自溃。”
吴阿衡对围城不感兴趣，海军作战力求速战速决，闪击战是第六舰队一贯风格。
“第六舰队刚炮击完漳州，几艘舰船都受损严重，急需休整，船和人都拖不起，趁着那个姓曾的已经丧胆，我们全力攻击，势必攻破此城。”
“说的是。”
王增斌表面和颜悦色，内心却有些犹豫。
第六兵团是骑兵团，主要兵种是骑兵。
让骑兵承担攻坚战，不是王增兵想要的，他计划长期围困，是要等其他兄弟部队忙完，抽调增援，用步兵全力攻城。
吴阿衡说不动王增斌，只得同意围城，不过他表示只提供远程炮火支持，不派水兵登城。
“有舰炮轰击便足够了。”
就这样，两位兵团主官一致决定，对泉州城做长期围困。
八月十八日，泉州士绅郭必昌之子郭显，率家丁于城中纵火，纵马高呼：
“鞑子只杀曾国祚，不杀我们，我等随良民，不可和朱聿键同归于尽！”
曾国祚，河南信阳人，原为信阳卫所千户，武定初年投降大齐，太初元年复叛齐军，投靠南明，后随郑森余部窜逃福建，镇守泉州。隆武帝入泉州后，封曾国祚为平贼将军、太子少保。
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