最后明神宗不得已上朝召见群臣，下令定张差为「风癫奸徒」且不准任何官员再议论此事。
原来在皇城的左面，每逢初四、十四、二十四，这三日俱设市贸易，称之为（内市）而在梃击案发生之后，经过明京城守备御史：刘廷元，等人上疏后，请求禁止内市，以消除隐祸。
同时还要在皇城以内四门，规定内臣出入必须接受检查，四门还要按时开闭，任何人不得借故阻挠。
5月24日，明神宗为此下诏称“门禁本宜严密，今令兵部及巡城科、道官随时严加盘查，厂卫巡捕衙门以及守门官员密切侦察，擒拿奸宄，内市因相沿年久，有助济需，暂不停罢，但任何人都不许持挟棍棒铜铁弓刀剑等物进入，违者必惩。”
5月26日，叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布扬古，决定把妹妹：纳拉·布喜娅玛拉（东哥）许配给漠北蒙古喀尔喀贝哈达尔汉贝勒：暖免，的儿子：蟒古儿大，并捕捉了建州女真八部奸细6人。
5月29日，张差由北镇抚司锦衣卫缇骑偷偷处决，马三道等人则被发配边疆，庞保、刘成，两人也被一同处死，一场梃击案最后就这样不了了之。
同时革去明刑部主事：王之寀，的官职为民，还把要求严惩明后军都督府左都督：郑国泰，的明工科给事中：何士晋，给调出北直隶顺天府紫禁城，改为明浙江提刑按察使司佥事。
其他主张（梃击）论者，或被降职或被罚俸。
然而梃击案之争却并没有因此结束，直至明天启五年公元1625年仍私下里争论不休。
此时北部边疆外，还发生了漠南蒙古河套部与土默特部、察哈尔部、科尔沁部，大举进攻大明帝国陕西承宣布政使司延绥总镇地区事件，而榆林卫秦军铁骑全速出动抗击外夷，担任起了守卫九边重镇的责任。
7月18日，明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）趁着叶赫老女指（叶赫女真部东哥格格：纳拉·布喜娅玛拉）与被赐婚的漠北蒙古部落成婚之际发兵三千人，屯驻在南关旧地，准备一举荡平海西叶赫女真部。
可由于明军已经注意到了建州女真八部的扩张，再加上有明抚顺守御千户所游击将军：李永芳，派人随时盯着，故此明建州左卫军民指挥使只好暂时息兵。
11月初1日，明建州左卫军民指挥使正式创立〈八旗制度〉规定每三百人立一（牛录额真）、五牛录额真立一「甲喇额真」、五甲喇额真立一［固山额真］而固山额真则分左右各立〖梅勒额真〗。
固山额真，既；正黄旗、正白旗、正蓝旗、正红旗，这四旗加上；镶黄旗、镶白旗、镶蓝旗、镶红旗，总共称之为（八旗）也称［八固山］约为6万人。
其中；正黄旗、镶黄旗，由明建州左卫军民指挥使统领，正红旗由次子明建州左卫军民指挥佥事：爱新觉罗·代善，统领、镶红旗则由明建州左卫军民指挥佥事长子：爱新觉罗·岳托，统领、镶蓝旗由明建州左卫军民指挥使同母弟前任明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，次子明建州右卫军民镇抚使：爱新觉罗·阿敏，统领、正蓝旗由明建州左卫军民指挥使第五子明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·莽古尔泰，统领、正白旗由明建州左卫军民指挥使第八子明建州左卫军民千户：爱新觉罗·红歹是（爱新觉罗·皇太极）统领、至于镶白旗则由明建州左卫军民指挥使长子：爱新觉罗·褚英，长子：爱新觉罗·杜度，统领。
建州女真各部不论男女老少都算旗人。
还把明建州左卫军民千户：钮钴禄·额亦都、明建州卫军民指挥同知：瓜尔佳·费英东、明建州卫军民镇抚使：觉尔察·安费扬古、明建州右卫军民镇抚使：董鄂·何和礼、明建州左卫军民副千户：佟佳·扈尔汉，这五位将领分封为〈五大臣〉。
这时又逢建州女真左卫广略贝勒：爱新觉罗·褚英，因为军功显赫又是建州女真都督的继承人，所以藐视一切女真子弟，再加上面壁思过里毫无悔改之心！反而还与五大臣们为敌。
故此明建州左卫军民指挥使在左右衡量之后，便下定决心废了这位，自己承认的未来继承人。
11月初5日，威名一时的大明宁远伯：李成梁，进入了耄耋之年正常老死去，享年90岁。
而辽东都指挥使司抚顺守御千户所关外，经常发生汉人或者商人到建州女真八部采摘灵芝、偷挖人参、盗取蜂蜜等现象，此举深受建州女真八部军民憎恨，因此袭击过商队以及大明汉人。
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