待奏章交上后，明熹宗：朱由校，当即下诏表扬了他。
恰好明都察院山东道监察御史：方震孺，也认为防河有六条不可靠的地方，因此王总镇巡抚的建议，被就此作罢了。
而王总镇巡抚也因为自己的计策，未被朝廷采纳，所以恨透了他，竟把军事责任全推托到熊总镇经略的身上。
于是明辽东总镇经略：熊廷弼，就请示朝廷，要警告王总镇巡抚，不得有人借口节制军务，以免坐失战机。
随后在接待四方援辽的军队上面，明辽东总镇巡抚又大做文章，全改名号为〈平辽〉致使辽人们很不愉快，明辽东总镇经略见状就站出来说道“辽人未曾叛乱，请改为（平东）或「征东」以安慰辽人的心。”
从此以后明辽东总镇巡抚与明辽东总镇经略的矛盾愈演愈烈，总镇经略、总镇巡抚，不和睦的风声，也就开始传起来了。
然而王总镇巡抚敢与上司～熊总镇经略针锋相对，最为重要的原因，还是在于朝中有人支持，而他的支持者，便是王总镇巡抚当年科举的主考官、当今朝中明内阁首辅：叶向高，以及与熊总镇经略素来关系不和的明兵部尚书：张鹤鸣。
正是在这两人的支持下，王总镇巡抚才敢肆无忌惮的挑战熊总镇经略的权威，与此同时，王总镇巡抚也迫切的需要一场战斗的胜利，来进一步巩固自己在辽东都指挥使司广宁卫的地位，进而到达限制熊总镇经略对于辽东都指挥使司军队的控制力和影响力。
于是王总镇巡抚就趁着熊总镇经略尚未过山海卫之际，在并未告知的情况下，悄悄派遣明定辽右卫左参将：毛文龙，冒险出兵。
7月14日，亲率养子明定辽右卫游击将军：毛承禄、明定辽右卫镇抚使：尤景和、明定辽右卫千户：王辅、明定辽右卫百户：陈忠，等一百九十七名勇士，安抚了；猪岛、海洋岛、大长山岛、小长山岛、广鹿岛，石城岛、王家山岛、鹿岛，等二千余里沿海岛屿。
还一举擒绑了后金金州卫副将：胡可宾、后金复州卫守备：任光先、后金金州中左守御千户所百户：何国用，等人。
在经过询问后，又得知镇江堡的后金主力去双山抄杀，不肯「剃发易服」从而投降后金的大明百姓，因此城中必定空虚，遂与明黄骨岛堡生员：王一宁，商议以后金镇江堡中军守备：陈良策，为内应，继续率领197人打算夜袭镇江堡。
果然在明定辽右卫左参将率领下，又配合了内应使得明军出其不意攻其不备，奇袭镇江堡擒拿住了之前后金反明七大恨后，攻打抚顺守御千户所时叛变投敌的大明东州堡左参将～现在的后金定辽右卫游击将军：佟养真（后来的满清清康熙帝姥爷）及其长子后金定辽右卫镇抚使：佟丰年、其侄子后金镇江堡总兵：佟松年，等将领打算即刻与捷报一起送往京师交由皇帝陛下处理。
仅有次子后金正蓝旗牛录额真：佟图赖，一人逃脱。
随即又派出明广宁右卫千总：陈忠，等将领再次奇袭双山，擒贼先擒王先斩后金镇江堡游击将军：缪一真，等将领断其后金军士气，在一鼓作气冲击出来，打败后金军，史称［镇江大捷］。
此战之后，宽奠堡、汤站堡、险山堡，等地城堡的残余大明军民相继前来归降毛家军，一时间数百里之内，几乎望风归附，纷纷加入到大明的怀抱之中，归顺之民络绎不绝，使得全辽震动，也引起了后金方面的极大恐慌。
8月初1日，明辽东总镇经略上书道“三方面布置的战略实施，必须得联络李氏朝鲜王国，请抓紧时间加派钦差使臣，前去访问李氏朝鲜王国的君臣，让他们征发李氏朝鲜八道的全部兵力，在江面上设立连营，以助我军的声威。”
奏折送上去之后，还不忘举荐了明盖州卫监军副使：梁之垣，说他从小在海滨长大，又熟知李氏朝鲜王国的事情，可以充任钦差使臣。
明熹宗得知马上就同意了，并且按照行人奉使的惯例，赐给一品官服以示宠信。
于是明盖州卫监军副使还上书提出加强他们的事权、以确定自己的职责等八条要求，明熹宗也都同意了。
正当明盖州卫监军副使正在和有关部门商议兵饷之事时，王总镇巡抚所派遣的明定辽右卫左参将袭取镇江堡大捷的捷报，便传入了朝中。
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