关于刘永福的安置问题，清廷在二月二十二日命令云贵总督岑毓英和两广总督张之洞处理此事。张之洞主张将刘永福安置在钦州或上思，而刘永福本人则表示愿意驻扎南宁。然而，广西巡抚李秉衡担心刘永福的手下游勇会在广西引起与法国的摩擦，不愿其驻扎广西。最终，张之洞决定将刘永福安置在琼州，但慈禧太后对此表示担忧，认为“琼州孤岛，我水师不力，一旦有事，何以制之？”九月二十七日，张之洞采纳了唐景崧的意见，将刘永福调任广州，并动用义捐银数千两为其在广州购置了一座大宅。
在此之前，刘永福已于八月初四日从文山出发，九月二十四日抵达南宁。张之洞命令他解散新募的兵士，只保留1000余人，分为五个营（每营200人）和亲兵100人，称为“福军”。刘永福将家眷行李安置在宾州（今广西宾阳）的岳父家中。十二月二十二日，刘永福抵达广州，并于次日拜见张之洞。张之洞派孙鸿勋和陈文序管理黑旗军营务，并指导刘永福学习礼仪和历史知识。经过近一个月的考察，张之洞于光绪十二年（1886年）正月十九日上奏清廷，推荐刘永福担任总兵。慈禧太后接受奏请，将广东南澳镇总兵李扬升开缺，由刘永福补任该职。但因清廷指示暂缓赴任，刘永福暂时留在广州，并曾请假回博白祭祖，在宾州与家人团聚。
光绪十三年（1887年）夏，广东碣石地方发生民众与洋教徒的冲突，张之洞奏请让刘永福署理碣石镇总兵，以稳定局势。刘永福于八月初一日到任。不久后，清廷指示他入京觐见，并要求进一步削减福军的规模。八月二十三日，刘永福从广州出发，在广东水师提督方耀的陪同下，乘坐“海晏”号船前往天津，并于十月初二日抵达北京。初三日，刘永福进宫面见光绪皇帝，十四日觐见慈禧太后，并向光绪帝辞行。十八日，刘永福和方耀离开北京，继续在广东担任南澳镇总兵，并负责巡防闽粤海疆。
七、抗日保台
光绪二十年（1894年）六月下旬，随着日本入侵朝鲜，甲午中日战争爆发。在军机大臣翁同龢的推荐下，光绪帝命令两广总督李瀚章和闽浙总督谭钟麟督促刘永福带兵前往台湾，协助台湾巡抚邵友濂防备日军。刘永福的旧部经过多次裁撤，仅剩300人，他请求招募到3000人，恢复黑旗军的规模。然而，谭钟麟并未同意刘永福的请求，而是将临时招募的1000名潮勇改为刘永福部下，并配发武器和四个月的军饷，让他先行前往台湾。
刘永福接到命令后，先赶回广州燕塘旧居布置招募事宜，随后前往潮州，带领这1000名潮勇到汕头训练，准备渡海赴台。邵友濂对刘永福的态度颇为冷淡，请求将其调至台南而非台北，清廷批准后，刘永福于八月初五日率领潮勇抵达台南。随着清军在平壤战败，战火蔓延至中国境内，北洋水师在黄海海战中遭受重创，清廷一度考虑将刘永福调往辽东抵御日军，甚至设想让他直捣日本本土的长崎等地。但随着日军军舰出现在澎湖海域，邵友濂改变了主意，挽留刘永福，并请求将其留在台湾。
九月十二日，清廷命令刘永福留在台湾。刘永福视察了基隆、沪尾和澎湖的防务，并于九月二十三日拜见了新任台湾巡抚唐景崧，提议自己带兵防守台北，但遭到拒绝。九月三十日，唐景崧安排刘永福防守凤山东港至恒春一带，即台南府南部沿海，限制其活动范围。同年冬天，两江总督张之洞打算调刘永福北上上海防守，刘永福借此机会向总理衙门申诉自己在台湾受到排挤的情况，请求增兵增饷，但这些安排最终未落实。
光绪二十一年（1895年）正月，北洋水师全军覆没，日军越过辽河，逼近山海关。张之洞打算将刘永福调至京畿抵御日军，唐景崧同意。但不久后，日军军舰出现在澎湖海域，唐景崧决定加强台南防守，叫停了调刘永福北上的计划。张之洞于二月二十三日分别致电唐景崧和刘永福，劝两人以大局为重。四天后，日军占领澎湖。三月二十三日，《马关条约》签订，中国将台湾和澎湖列岛割让给日本。刘永福闻讯后，誓言抗日保台。
五月二日，唐景崧在台湾士绅的支持下成立了抗日政权“台湾民主国”，自任总统，刘永福被任命为大将军。五月九日，因台湾镇总兵万国本内渡，唐景崧命刘永福暂代此职。刘永福返回台南，不久后台北被日军占领，唐景崧及其官员纷纷内渡，日本军舰在台南安平海域侦察。刘永福致电闽浙总督边宝泉请求“暗助”，边宝泉联系张之洞，张之洞表示“任其自为之”。
刘永福接到了伪托张之洞名义的电文，要求他坚守两个月，援兵即可至。刘永福受此伪电鼓舞，将其公告台南，民众士气大振，誓死抵抗。随后台南绅民推戴刘永福为“台湾民主国”总统，但他拒绝，仍以帮办台湾军务、南澳镇总兵、署台湾镇总兵的身份领导抗战。
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